El Programa Andaluz para Jóvenes Instrumentistas –Orquesta Joven de Andalucía- fue creado por la Consejería de Cultura de la Junta de Andalucía en el año 1994 con el objetivo de impulsar, y complementar, la formación musical de los jóvenes valores emergentes que aspiren a una actividad profesional dentro de un conjunto sinfónico. La Orquesta Joven de Andalucía ofrece al público sus programas sinfónicos en concierto tanto en el territorio de la Comunidad Autónoma como fuera de ella —Madrid, Barcelona, Valencia, Murcia—.

En 1996, y formando parte de los actos conmemorativos del cincuentenario de la muerte de Manuel de Falla, la O.J.A. realizó la grabación discográfica de El Amor Brujo (Vers. 1915) y Noches en los jardines de España, con Esperanza Fernández y Miguel Ángel Rodríguez Laiz, respectivamente. Los actos realizados recibieron el Premio Español de la Música al mejor evento internacional, promovido por la Sociedad General de Autores (SGAE) y la Asociación de Intérpretes y Ejecutantes (AIE). Igualmente, ha iniciado la grabación discográfica de las obras compuestas por los integrantes del Aula de Composición “Manuel de Falla” en homenaje a Federico García Lorca. En el verano de 1997 la Orquesta participó en el Festival de Música de Segovia, y en el año 1998 inauguró la XVII edición del Festival Internacional de Orquestas Jóvenes de Murcia y durante el año 1999 se realizaron grabaciones para la RTVA (Canal 2) y RNE (Radio Clásica) en el Auditorio Manuel de Falla de Granada y en el Teatro de la Maestranza. En este último, interpretó en versión de concierto una selección de la zarzuela Margot de Joaquín Turina, recuperada en la conmemoración del cincuentenario del fallecimiento del autor.

Desde el verano de 2002 hasta 2005, instrumentistas de la Orquesta han participado en el West Eastern Divan celebrado en Pilas (Sevilla) dirigido por el maestro Daniel Barenboim. Durante el año 2003 se ha contado con la participación de directores como Enrique Mazzola, Gloria Isabel Ramos y el propio Michael Thomas. En dicho año la Orquesta actuó en el 52 Festival Internacional de Música y Danza de Granada y un año después, en el Festival de Música Contemporánea de Málaga, y, con motivo del X aniversario de su creación, estuvo de gira en el mes de agosto en Escocia e Inglaterra, en los Festivales de Edimburgo, Aberdeen y Cambridge. En 2005 la Orquesta ofreció con gran éxito dos conciertos en el Auditorio Nacional de España: el primero de ellos, de carácter institucional, con motivo del Día de Andalucía en Madrid; y el segundo en octubre, a través de la ONU, con motivo de la incorporación de España a este Organismo. En este concierto se ofreció un programa para orquesta y piano, que tuvo como artista invitado al pianista Javier Perianes. Asimismo, participó en el Teatro Cervantes de Almería en la Programación Especial con motivo de los Juegos del Mediterráneo y en el verano de 2005 actuaron en la región de Marsella invitados por la Orchestre des Jeunes de la Méditerranée.

“La Orquesta Joven de Andalucía es ya una excelente formación sinfónica. La lectura de Thomas y la centuria andaluza discurrió por caminos de sutil belleza, en su refinamiento sonoro de la lírica cantabile o la eclosión apoteósica. Tarde de gran música y grandes músicos o lo que es lo mismo, inolvidable” escribió Enrique Franco en el diario El País, con motivo del concierto ofrecido en el Auditorio Nacional de Música de Madrid el 25 de octubre. Idéntico éxito de crítica han obtenido otros conciertos registrados en la temporada 2006, como es el caso de su participación en la edición del Festival Internacional de Música y danza de Granada de dicho año y el ofrecido bajo la dirección de Daniel Barenboim en la Plaza de Toros de Marbella.